Inicios

La fundación de Once Municipal emergió de la unión de futbolistas de los diferentes equipos de su departamento, esto cuando llegó a Ahuachapán el señor Salvador Marinero en el año 1946, originario de San Vicente, charló con algunos vecinos y armó un equipo para que jugara en la segunda división.

Marinero tuvo al equipo por un año y se preguntó si había alguien que pudiera ayudarles con el equipo en lo económico y logístico, por lo que decidió tocar las puertas de don Alfonso Salaverría, dueño de fincas y alcalde en esa época de la ciudad.

Le hizo la invitación y el edil aceptó, pero primero quería ver cómo estaba el equipo y lo observó en Llano del Espino, un campo en las afueras de la ciudad, que era donde eran locales. Sin embargo, su primera impresión no fue grata y le dijo a Marinero que así como estaba el conjunto no iba a llegar muy lejos. Entonces, giró instrucciones para que se reforzara con equipos de la segunda división.

Su primer partido se dio contra el Ferrocarril de La Libertad, que ganó Once Municipal 3-1.

Uno de los nuevos refuerzos (cuyo primer oficio era de zapatero), fue el defensor René “Chacuate” Moscoso, quien permanece en la actualidad como el referente histórico desde la fundación del cuadro canario, .

Campeón Nacional (1948-1949)

Su primera temporada en Primera fue un éxito ya que terminan segundos en el torneo. Debido a los anterior, Para la campaña de 1948-1949 Salaverría comenzó a reclutar más jugadores incluyendo dos costarricenses, los primeros en jugar en el fútbol salvadoreño, y contratándose como nuevo timonel al técnico Armando Chacón, este procedente de Club Deportivo FAS. la temporada resultó ser un momento glorioso para Once Municipal ganando su primer título en la historia, esto precisamente en un juego ante el FAS tras un empate a dos goles. Su más cercano perseguidor, el Libertad, también igualó por lo que el título se fue para los de Ahuachapán.

Primera fuga "canaria"

Ya con el título, los jugadores comenzaron a pedir aumento en su salario y el pope canario les dijo que no tenía cómo darles más dinero y que el que quería irse que se marchara. Fue así como ocurrió el primer éxodo de jugadores, pues muchos fueron los elementos que recibieron ofertas de otros equipos, principalmente el Atlético Marte.

Pero por esas cuestiones de la vida, cuando se reanudó el torneo nacional para la temporada 1950-1951, los canarios no se presentaron a competir por los problemas de no contar con jugadores, y ante la negativa de Salaverría de aumentarles el salario, vino la penosa consecuencia de perder su categoría y terminar hasta la cuarta división.

Segundo ascenso

Tras el retorno de otras piezas, el Once Municipal comienza su carrera por el retorno y fue en 1955 cuando alcanza el ascenso a la primera división. En ese año se dio la división oficial en el fútbol salvadoreño en sus categorías y de la campaña anterior los primeros ocho equipos (de 15 que jugaron) se quedaron en primera y los otros formaron oficialmente la liga de ascenso.

Nuevamente por problemas con los jugadores, Salaverría optó por dar un paso al costado por lo que decidió vender la categoría por un colón al Atlético Constancia en 1959, equipo que posteriormente pasaría a llamarse Alianza Fútbol Club.

El equipo vuelve a primera división en 1963 y se mantuvo como protagonista ubicándose entre los primeros cuatro del torneo, pero nuevamente la marcha de jugadores clave auguraron una nueva debacle y en 1970 desciende.

En la década de los 70, el Once Municipal sería protagonista nuevamente del fútbol salvadoreño al obtener dos subcampeonatos de forma consecutiva (1977 y 1978). Pero en 1980 descendió y el equipo pasó en las sombras de la segunda división por quince años y en 1993 tocan fondo cayendo hasta la Tercera División.

Tercer y cuarto ascenso

Uno de los personajes que serán más recordados en la época moderna del cuadro canario es sin duda el polémico Adalid Magaña, que se hizo de las riendas del equipo en 2001 para salvarlo de una crisis económica.

Se disputaba la temporada 2003-2004 de la segunda división y los canarios no eran precisamente los favoritos para llegar al circuito mayor. De hecho, problemas económicos hacían dudar de la continuidad de gran parte del plantel y tras muchas adversidades.

Los fronterizos se ganaron el mote de “mata-gigantes” en esa temporada y les faltaba uno, el Once Lobos en la mismísima final. Los lobeznos eran los candidatos firmes para ganar el ascenso directo y contaban con jugadores experimentados como Memo Rivera, William Renderos y Edwin “el Bonchinche” Portillo como estratega.

Los chalchuapanecos no salieron del asombro cuando en la primera mitad el marcador del estadio Cuscatlán mostraba un 3-0 a favor del Once Municipal en la tarde del 22 de mayo de 2004. Un “hat trick” del colombiano Víctor Jaramillo hizo las pesadillas para los "yuqueros" y la fiesta para los ahuachapanecos. Aquí comenzó una nueva travesía en la primera división, una época con inicio regular y que posteriormente escribió nuevas páginas gloriosas en su haber.

Doblete: Apertura 2006 y "Copa Presidente"

Fue hasta el año 2006 cuando las cosas comenzaron a ir viento en popa. En julio de ese año, Nelson Ancheta fue contratado como entrenador para una nueva campaña; sin embargo, la poca confianza de Magaña le dio apenas tres partidos, que de no ganar, hubiera sido despedido. El chalchuapaneco dispuso armar un equipo y de inmediato se caracterizó por reforzarse con jugadores que habían sido desechados por equipos grandes.

El 2006 también fue el retorno de la Copa Presidente, y los "canarios" supieron administrar bien su plantel en dos competiciones. Disputó la final ante el Club Deportivo Águila y los dirigidos por Nelson Ancheta se agenciaron la segunda edición del torneo de Copa, al vencer 1-0 a los "emplumados".

Contra todo pronostico los canarios llegan a la gran final del Torneo Apertura 2006 disputándose el día 17 de diciembre frente a los tigrillos de Club Deportivo FAS, y a pesar de comenzar perdiendo con un auto gol de Nelson Nerio, los canarios mostraron más garra y en un partido agónico que se definió en tiempo extra remontando el marcador y venciendo por 3-1, el Once Municipal se vistió de gloria, conquistó su segundo título nacional y terminó una campaña de ensueño con un doblete histórico. 1

Pero luego se vino la debacle, con errores dirigenciales, del cuerpo técnico y jugadores, y el cuadro canario retornó a segunda división en el Clausura 2008 poniendo punto final en este virtuoso ciclo de importantes éxitos. 2

Ultimo ascenso

En el torneo Apertura 2009 de Liga de Ascenso terminó como campeón, derrotando en la final al ADI F.C de Intipuca 2 a 1.3 , para el Clausura 2010, disputó el ascenso definitivo a la Primera División contra el CD Universidad de El Salvador (campeón Clausura de ese año) pero perdió el encuentro con marcador de 1:2.4 Por medio de un repechaje contra CD Municipal Limeño en juegos de ida y vuelta, logró el regreso a la máxima categoría (1:1 y 1:0).5

En su nueva etapa dentro de la Primera División, tuvo como mayor relevancia el alcanzar la final y obtener el subcampeonato del Apertura 2011, Tras ello el equipo no logro mantener el ritmo en los siguientes campeonatos y retornó de nuevo a la segunda división al acabar en el último lugar de la tabla acumulada de los torneos Apertura 2012 y Clausura 2013, a pesar que había logrado empatar en puntos con laUniversidad de El Salvador, que tenía una ventaja de catorce unidades a principios del Clausura